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Genome-Scale CRISPR-Cas9 Knockout Screening in Human Cells Ophir Shalem et al. Science 343, 84 (2014)
已知藥物功能篩選其耐藥靶點的方案:
1.明確該藥物功能及其致死工作濃度。
2.構建 CRISPR-Cas9 gRNA慢病毒文庫并侵染細胞,構建整合CRISPR-Cas9 gRNA的細胞混合克隆。
3.篩選:高濃度藥物短期內持續作用細胞混合克隆,成活的細胞即為產生耐藥性的細胞,其耐藥性的產生原因是 CRISPR-Cas9 gRNA導致的基因改變。
4.存活的細胞通過二代測序,比對得到gRNA 信息,從而推斷出起作用的基因靶點。
基因編輯是對基因組進行編輯。目前已經成熟的物種有大腸桿菌,釀酒酵母和畢赤酵母。
按實驗目的可分為:基因敲入、基因敲除、點突變。
簡單來說,原核基因編輯相差不大,我們目前使用的是CRISPR/Cas9基因編輯。真核Cas12a更有優勢。
與Cas9相比:
1 Cas12蛋白小,質粒或蛋白更容易進入細胞
2 從經濟方面來講,Cas12a用crRNA進行編輯,crRNA約40-44nt,其合成的價格遠低于sgRNA(約100nt)
3 識別位點PAM序列不同。Cas12a核酸酶識別5’-TTTV,切割產生交錯末端。Cas9切割產生平末端
1.同源重組
2.核酸酶