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微生物基因組測序

微生物基因組測序利用高通量測序技術，全面解析微生物的基因組序列。它能夠識別基因結構、功能和變異，揭示微生物的代謝途徑、抗藥性及進化關系。此技術廣泛應用于疾病診斷、環境監測、工業微生物改造和生物制藥等領域，為微生物研究提供關鍵數據支持。

泓迅生物可提供16S/18S/ITS擴增子測序、宏基因組測序、細菌基因組&真菌基因組de novo測序、微生物重測序等服務。

服務優勢

個性化解決方案
一對一完善的售前售后服務
嚴格質控，快速交付

服務詳情

? 16S/18S/ITS擴增子測序查看詳細

分析內容
1. 數據質控與統計 2. OTU 分類分析 2.1 OTU 聚類分析 2.2 分類學分析 3. 群落組成分析 (Community) 3.1 物種組成餅圖 3.2 多級物種組成圖 3.3 多樣本物種組成柱狀圖 3.4 多樣本物種組成聚類熱圖 3.5 屬水平物種進化樹 4. Alpha 多樣性分析（AlphaDiversity） 4.1 多樣性指數統計 4.2 多樣性指數差異分析 4.3 稀釋性曲線（Rarefaction curve） 4.4 等級聚類曲線（Rank-Aundance）曲線	5. Beta 多樣性分析（BetaDiversity） 5.1 基于OTU 的Venn 圖 5.2 PCA 分析 5.3 PCoA 分析 5.4 UPGMA聚類樹圖 5.5 NMDS 分析 5.6 組間群落結構差異顯著性檢驗 5.6.1 ADONIS 分析 5.6.2 Anosim分析 5.6.3 MRPP分析 5.6.4 Amova分析 6. 差異分析 6.1 Metastats 分析 6.2 Lefse 分析 7. 功能分析 8. 關聯分析

? 宏基因組測序 查看詳細

分析內容
1. 數據預處理 2. 基因組組裝 3. 基因預測及豐度分析 3.1 基因預測及豐度統計 3.2 基因表達量統計 3.3 預測結果基本信息統計 3.4 Core-pan基因分析 4. 樣品間相關性分析 5. 基因數目差異分析 6. 物種注釋（NR_mate數據庫） 6.1 物種注釋匯總表	6.2 Krona分析 6.3 物種豐度統計 6.4 樣品柱狀圖分析 6.5 樣品熱圖分析 6.6 物種主成分分析 6.7 樣品聚類分析 6.8 主坐標分析（PCoA） 6.9 組間差異物種的Metastats分析 6.10 組間差異物種的lefse分析 7. 功能注釋（GO、KEGG、COG、CAZy、CARD、PHI數據庫）

? 細菌基因組de novo測序 查看詳細

細菌基因組從頭測序（Bacterial Whole Genome de novo Sequencing ）是對基因組序列未知或無近緣物種基因組信息的某個物種，構建不同插入片段的基因組DNA文庫并對文庫進行序列測定，然后利用生物信息學方法進行拼接、組裝和注釋，從而獲得該細菌的全基因組序列圖譜，我們提供細菌框架圖和完成圖兩種不同的解決方案。

分析內容
細菌框架圖
1. 數據質控與統計 2. 基因組組裝 3. 基因組組分分析 3.1 編碼基因預測 3.2 重復序列 3.3 tRNA/rRNA查找 4. 基因功能分析 4.1 GO數據庫注釋 4.2 KEGG數據庫注釋 4.3 TCDB數據庫注釋 4.4 Swiss-Prot數據庫注釋 4.5 TrEMBL數據庫注釋 4.6 病原與宿主互作數據庫（PHI）注釋	4.7 細菌病原體的毒力因子（VFDB）注釋 4.8 耐藥基因（CARD）注釋 4.9 碳水化合物活性酶（CAZy）數據庫注釋 4.10 分泌蛋白預測 4.11 分泌系統蛋白及T3SS效應蛋白預測 5. 基因組比較分析 5.1 SNP統計與注釋 5.2 Indel統計與注釋 5.3 全基因組共線性分析 5.4 共有和特有基因分析 5.5 基因家族分析 5.6 物種進化分析
細菌完成圖
1. 數據質控與統計 2. 組裝 3. 基因組結構注釋 3.1 基本基因元件預測（tRNA，rRNA） 3.2 其余RNA預測 3.3 串聯重復序列（TRF）預測 3.4 簡單串聯重復序列（SSR）預測 3.5 CRISPR預測 3.6 基因島預測 3.7 前噬菌體預測 4. 基本功能數據庫注釋（NR、COG/KOG、GO、SwissProt、KEGG） 5. 特定功能注釋（CARD，CAZy，PHI，VFDB，TCDB，RMS，分泌蛋白注釋，III型分泌系統效應蛋白注釋和跨膜結構注釋）	5.1 耐藥基因（CARD）數據庫注釋 5.2 碳水化合物相關酶（CAZy）數據庫注釋 5.3 病原與宿主互作（PHI）數據庫注釋 5.4 致病菌毒力因子（VFDB）數據庫注釋 5.5 膜轉運蛋白分類（TCDB）數據庫注釋 5.6 限制性修飾系統分析 5.7 分泌蛋白注釋 5.8 III型分泌系統效應蛋白注釋 5.9 蛋白跨膜結構注釋 6. 堿基修飾位點檢測 7. 細菌基因組圈圖

備注：該產品也可以做比較基因組分析

? 真菌基因組de novo測序 查看詳細

服務名稱	技術路線	分析內容
真菌初級組裝	? DNA提取與檢測 ? 文庫構建及檢測 ? 上機測序 ? 生信分析	1. 數據質控與統計 2. 組裝 3. 基因組組分分析 4. 基因功能分析
真菌高級組裝	? DNA大片段提取與檢測 ? 二代和三代文庫構建 ? 上機測序 ? 生信分析	1. 數據質控與統計 2. 組裝 3. 基因組組分分析 4. 基因功能分析

? 微生物重測序 查看詳細

分析內容
1. 數據質控與統計 2. 基因組組裝 3. 基因組組分分析 3.1 編碼基因預測 3.2 重復序列 3.3 tRNA/rRNA查找 3.4 前噬菌體	4. 比較分析 4.1 SNP統計與注釋 4.2 Indel統計與注釋 4.3 物種進化分析 4.4 共有和特有基因分析 4.5 基因家族分析 4.6 全基因組共線性分析